Wie bei vielen Medizinrichtungen (auch bei der Schulmedizin) wird mit der Anamnese, also der Fallaufnahme, begonnen, doch kann dies bei der Homöopathie mehrere Stunden dauern, da nicht nur die Symptome der Patienten, sondern auch viele andere Faktoren eine Rolle spielen, zum Beispiel die Krankheitsgeschichte, Essgewohnheiten, Lebensweise und die Persönlichkeit. Außerdem ist es wichtig, dass die Symptome ganz genau beschrieben werden, zum Beispiel gibt es stechende, ziehende, drückende, pochende und hämmernde Kopfschmerzen. Diese genauen Angaben sind wichtig, da ein homöopathisches Mittel desto besser wirkt, je genauer die Symptome (die ein gesunder Mensch bei Einnahme des Mittels zeigen würde und die des Patienten) übereinstimmen. Wichtig bei der Anamnese ist die Spontanität der Antworten des Patienten, denn wenn man eine längere Zeit darüber nachdenkt, wie man es sagen will, dann kann es sein, dass etwas dazugereimt wird oder man etwas verheimlicht, weil es ihm plötzlich unwichtig oder peinlich vorkommt und dies verfälscht natürlich das Symptombild, was wiederum zur Wahl des falschen Mittels führen kann. Nachdem der Patient alles gesagt hat, was ihm einfiel, beginnt der behandelnde Arzt Fragen zu stellen, auf die der Patient nicht eingegangen ist. Diese Fragen beziehen sich dann auf persönlichere Sachen, auf die man als unerfahrener Patient nicht kommen würde, zum Beispiel die Geistes- und Gemütssymptome oder der seelische Zustand.

Nachdem die Anamnese abgeschlossen ist, wird eine Analyse der Symptome vorgenommen, (daran ist der Patient nicht mehr beteiligt) beginnend mit dem Herausfiltern unwichtiger Symptome, zum Beispiel derer, bei denen die Ursache absolut klar ist, wie zum Beispiel Kopfschmerzen wegen täglichen und stundenlangen Computergebrauchs. Anschließend vergleicht der Arzt die Symptome mit den existierenden Arzneimittelbildern in Datenbanken beziehungsweise Büchern und versucht das Mittel zu finden, dessen beschriebene Wirkungen am genauesten zutrifft.

Nachdem das vermeintliche Mittel gefunden wurde wird es dem Patienten in Form von Globuli oder Tropfen in einer der verschiedenen Potenzen verabreicht, wobei die D- und C-Potenzen solange gegeben werden, bis die Krankheit beziehungsweise alle Symptome dieser verschwunden sind. Die LM- und Q-Potenzen (Potenzen - Siehe Mittelherstellung) werden je nach Einzelfall gegeben und dann nur sehr wenige.

Nach dieser Einnahme wird die Reaktion des Körpers abgewartet. Eine Besonderheit ist, dass eine Erstverschlimmerung als gutes Zeichen gedeutet wird und somit die Mittelwahl korrekt war. Die Erstverschlimmerung betrifft allerdings nur die Symptome, die zuvor bereits aufgetreten sind. Ein weiteres interessantes Merkmal bei dem Heilungsverlauf ist, dass die Symptome von oben nach unten und von innen nach außen und in umgekehrter Reihenfolge ihres Auftretens geheilt werden (das heißt, sie blühen erneut kurz auf, bevor sie wieder verschwinden). Dieses Merkmal wird als „Heringsche Regel“ bezeichnet, benannt nach ihrem Erfinder beziehungsweise Entdecker. Der Verlauf der Heilung wird natürlich auch überwacht, sollte zum Beispiel ein Symptom dazu kommen, dann stimmt das Mittel noch nicht ganz und die Prozedur muss noch ein weiteres Mal durchgeführt werden.

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